1928年台北帝國大學創校，創立之初並未設醫學部，後來以台北醫學專門學校為基礎，在1936年成立台北帝國大學醫學部，並將原台北醫學專門學校改稱台北帝國大學醫學專門部。

1937年台北醫院（原台北病院）成為台北帝國大學醫學部附屬醫院。

1945年台灣光復，政府接收台北帝國大學並更名為國立台灣大學，醫學部改稱醫學院，附屬醫院改稱醫學院附設醫院，醫學專門部則不再招生。

本院於光復之初，除醫科外未設其他學系，1946年春，為收容留日返台之醫專學生，曾臨時成立醫學專修科，至1950年停辦。

嗣於42學年度增設藥學系，44學年度增設牙醫學系，45學年度增設護理學系及醫事技術學系，56學年度醫事技術學系分設醫事檢驗組及物理治療兩組，59學年度增設復健醫學系並分設物理治療組及職能治療組，同時將醫事技術學系物理治療組歸併復健醫學系，61學年度增設公共衛生學系，62學年度起奉教育部令將醫科更名為醫學系。

71學年度增設學士後醫學系，74學年度學士後醫學系奉准停止招生。81學年度復健醫學系撤銷，改設物理治療學系及職能治療學系。82學年度公共衛生學院成立，公共衛生學系改歸屬公共衛生學院。本院現有七個學系（其中醫學系包括基礎醫學及臨床醫學共27學科），其修業年限，藥學系、護理學系、醫事技術學系、物理治療學系及職能治療學系等為四年，畢業後分別授予藥學士、理學士之學位；醫學系為七年制，其最後一年為臨床實習，畢業後授予醫學士學位；牙醫學系為六年制，畢業後授予牙醫學士學位。

本院於光復之初自日人接收熱帶醫學研究所，當時並未招生，嗣於1951年予以改組另設公共衛生學研究所。36學年度增設生理學研究所、病理學研究所、結核病學研究所，其中結核病學研究所於38學年度併入理學院化學系。

• 51學年度將原有之生理學研究所分設為生理學研究所、藥理學研究所及生化學研究所。
  
• 54學年度增設微生物學研究所。
  
• 56學年度生化學研究所及藥理學研究所增設博士班。
  
• 58學年度增設解剖學研究所，病理學研究所增設博士班。
  
• 59學年度增設藥學研究所。
  
• 67學年度增設臨床醫學研究所，僅設置博士班。
  
• 72學年度藥學研究所增設博士班。
  
• 73學年度增設護理學研究所。
  
• 74學年度公共衛生學研究所增設博士班，醫學系增設家庭醫學科。
  
  75學年度微生物學研究所及解剖學研究所增設博士班。
  
• 76學年度增設醫事技術學研究所。
  
• 77學年度增設牙醫科學研究所。
  
• 78學年度生理學研究所增設博士班。
  
• 79學年度增設毒理學研究所。
  
• 81學年度增設分子醫學研究所。
  
• 82學年度增設毒理學研究所博士班及免疫學研究所，醫學系增設急診醫學科，公共衛生研究所改隸公共衛生學院。
  
• 87學年度牙醫科學研究所更名為臨床牙醫學研究所，85學年度免疫學研究所增設博士班，85學年度臨床醫學研究所博士班增設外科醫學組。
  
• 86學年度護理學研究所增設博士班，並新成立口腔生物科學研究所碩士班及物理治療學系碩士班。
  
• 87學年度增設醫學工程研究所碩士班（與工學院合設）。目前本院共有16個研究所，其修業年限，碩士班一至四年，博士班二至七年。

本院另於1987年成立雷射醫學研究中心，於1990年成立實驗動物中心及醫學工程研究中心，進行相關領域之研究。

國立台灣大學醫學院
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