先天性心脏病的病因学目前尚不完全清楚。但随着目前分子生物学的发展，人们发现遗传因素在先天性心脏病的发生发展中起一定作用。比如Marfan 综合征其为一常染色显性遗传疾病，其基因定位已十分明确，位于15号染色体的长臂上，迄今已发现了20多个突变位点。

    还有一些为多基因遗传性先天性心脏病。如房间隔缺损，其遗传度为57-60%，先证者同胞及子女再发风险率为2.5-4.6%。室间隔缺损在亚洲的群体发病率为1.2-3.1%，其遗传度在43-55%，先证者的同胞再发风险率为3.3-4.4%，其子女为3.7-4.0%。最常见的与遗传有关的先天性心脏病是伴有其它器官畸形的先天性心脏病，如多脾综合征，其100%伴有先天性心脏病，染色体病如21三体综合征，50%患者伴有先天性心脏病，Turner综合征40%可伴先天性心脏病。